Selanik'te Atatürk'ün doğduğu evin yanındaki Türk konsolosluğunun bahçesine atılan iki bombadan birinin patladığı, evin ve konsolosluk binasının camlarının kırıldığı haberi üzerine Ankara, İstanbul ve İzmir'de halkın sokağa dökülmesiyle 6 Eylül 1955'te başlayan 6-7 Eylül Olayları'nda, azınlıkların yaşadıkları semtlerde yangınlar çıkarılmış, kiliselere ve mezarlıklara saldırılarda bulunulmuştu. 6-7 Eylül olaylarına ilişkin Yassıada'da dava açılmasında en büyük rol, Fuad Köprülü'nün olmuştu.
27 Mayıs 1960 darbesinden sadece 8 gün sonra bir gazeteye röportaj veren Köprülü, 6-7 Eylül olaylarıyla ilgili dönemin Başbakan Yardımcısı Fatin Rüştü Zorlu ve Başbakan Adnan Menderes'i suçlayarak, "Bu müessif hadisenin baş tertipçisi ve müsebbibi bizzat Menderes'ti. Kıbrıs'ı fethetmek için bu şekilde bir yol takip etmeyi doğru bulmuştur." ifadelerini kullandı.